分子动力学允许原子和分子在一个固定的时间段内相互作用,使人们看到系统的动态 "演变"。
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MDAnalysis是一个用于分析分子动力学模拟的Python库。
SchNetPack - 原子系统的深度神经网络
使用PyTorch的端到端分子动力学(MD)引擎
NequIP是一个用于建立E(3)等价原子间势的代码。