生物信息学开源项目点评

cs-video-courses

带有视频讲座的计算机科学课程列表。

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6,909
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48,038

dash

Python

用于Python、R、Julia和Jupyter的分析性网络应用。不需要JavaScript。

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1,816
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17,837

biopython

Python

Biopython的官方git仓库(最初由CVS转换)。

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3,369

deepvariant

Python

DeepVariant是一个分析管道,使用深度神经网络从下一代DNA测序数据中调用遗传变体。

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2,675

awesome-single-cell

社区策划的单细胞软件包和数据资源列表,包括RNA-seq、ATAC-seq等。

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2,349

Awesome-Bioinformatics

一个精心策划的生物信息学库和软件的列表。

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2,191

nextflow

Groovy

用于数据驱动的计算管道的DSL

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1,922

bioconda-recipes

Shell

生物康达频道的康达食谱。

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1,442

fastp

C++

一个超快的一体化FASTQ预处理器(QC/适配器/修剪/过滤/分割/合并...)。

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1,403

gatk

Java

GATK 4及以上版本的官方代码库

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1,353

cromwell

Scala

科学的工作流程引擎,旨在实现简单性和可扩展性。在一次性使用案例和大规模生产环境之间轻松过渡

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biopandas

Python

在pandas DataFrames中处理分子结构

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dgl-lifesci

Python

用于化学和生物学中的图形神经网络的Python软件包

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DnaFeaturesViewer

Python

:眼。绘制DNA序列特征的Python库(例如来自Genbank文件)。

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poly

Go

一个用于工程生物的Go软件包。

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cobrapy

Jupyter Notebook

COBRApy是一个用于基于约束的代谢网络建模的软件包。

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arvados

Go

用于管理和分析生物医学大数据的开源平台

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pronto

Python

一个通往(开放生物医学)本体的Python前端。

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DnaChisel

Python

:pencil2。一个多功能的DNA序列优化器

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indra

Python

INDRA(综合网络和动态推理组装器)是一个自动模型组装系统,与NLP系统和数据库对接,收集知识,并通过组装过程,产生因果图和动态模型。

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