COBRApy是一个用于基于约束的代谢网络建模的软件包。
INDRA（综合网络和动态推理组装器）是一个自动模型组装系统，与NLP系统和数据库对接，收集知识，并通过组装过程，产生因果图和动态模型。
PEtab - 一个基于SBML和TSV的数据格式，用于系统生物学中的参数估计问题
一个用于可视化和编辑路径模型的网络应用程序
与CVODES和IDAS的高级多语言接口
memote - 基因组尺度的代谢模型测试套件
JSBML是一个社区驱动的项目，旨在创建一个免费的、开源的、纯Java™库，用于读取、写入和操作SBML文件（系统生物学标记语言）和数据流...
用于Python、R、Julia和Jupyter的分析性网络应用。不需要JavaScript。
用于管理和分析生物医学大数据的开源平台
一个通往（开放生物医学）本体的Python前端。
🌶️在Python中使用生物表达语言（BEL）的生态系统。