SBML开源项目点评

cobrapy

Jupyter Notebook

COBRApy是一个用于基于约束的代谢网络建模的软件包。

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indra

Python

INDRA(综合网络和动态推理组装器)是一个自动模型组装系统,与NLP系统和数据库对接,收集知识,并通过组装过程,产生因果图和动态模型。

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memote

HTML

memote - 基因组尺度的代谢模型测试套件

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AMICI

C++

与CVODES和IDAS的高级多语言接口

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PEtab

PEtab - 一个基于SBML和TSV的数据格式,用于系统生物学中的参数估计问题

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newt

JavaScript

一个用于可视化和编辑路径模型的网络应用程序

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jsbml

Java

JSBML是一个社区驱动的项目,旨在创建一个免费的、开源的、纯Java™库,用于读取、写入和操作SBML文件(系统生物学标记语言)和数据流...

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sbmlutils

HTML

用于SBML的Python工具

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10
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biosimulations

TypeScript

一个分享和重用生物建模研究的平台,包括模型、模拟和其结果的可视化。

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10
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smfsb

AMPL

与教科书《系统生物学的随机建模》第三版有关的文件、模型和代码

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