一个用于可视化和编辑路径模型的网络应用程序
使用生物表达语言(BEL)统一路径数据库
INDRA(综合网络和动态推理组装器)是一个自动模型组装系统,与NLP系统和数据库对接,收集知识,并通过组装过程,产生因果图和动态模型。
COBRApy是一个用于基于约束的代谢网络建模的软件包。
PyGraphistry是一个Python库,可以利用GPU加速的Graphistry可视化图形分析器快速加载、塑造、嵌入和探索大图形。
:眼。绘制DNA序列特征的Python库(例如来自Genbank文件)。
演示PyBEL和PyBEL工具使用的笔记本
在BEL中整合KEGG路径相关信息的Bio2BEL包
🌶️在Python中使用生物表达语言(BEL)的生态系统。
与教科书《系统生物学的随机建模》第三版有关的文件、模型和代码
一个分享和重用生物建模研究的平台,包括模型、模拟和其结果的可视化。